Aspek pajak yang terdapat pada Wajib Pajak perusahaan logistik sama seperti Wajib Pajak Badan pada umumnya, yaitu:

Pajak Penghasilan (PPh)

Sebagai suatu badan yang telah memenuhi persyaratan subjektif dan objektif diwajibkan mendaftarkan diri untuk mendapatkan Nomor Pokok Wajib Pajak (NPWP). Setelah mendapatkan NPWP, maka Wajib Pajak Perusahaan Jasa wajib menyetorkan dan melaporkan SPT PPh Tahunan dan SPT Bulanan.

PPh Tahunan

Setiap 4 bulan setelah berakhirnya tahun pajak, Wajib Pajak perusahaan logistik wajib melaporkan SPT PPh Tahunan Badan. Tarif PPh Badan yang dikenakan tergantung berapa penghasilan bruto yang diperoleh oleh Wajib Pajak. 

PPh Masa

Kewajiban pajak bulanan yang harus dilakukan oleh Wajib Pajak perusahaan logistik yaitu membayar dan melapor SPT PPh 25 atas angsuran pajak, SPT PPh 4 ayat 2 atas penghasilan yang dikenakan pajak bersifat final, SPT PPh 21 atas pemotongan pajak pada penghasilan yang diterima oleh pegawai maupun bukan pegawai , SPT PPh 22 sebagai pemungut apabila diwajibkan untuk memungut PPh 22, PPh 23 atas pemotongan pajak pada penghasilan berupa bunga, royalti, hadiah, dividen, sewa dan jasa.

Karena perusahaan memberikan layanan jasa sewa gudang, dalam Undang-Undang Nomor 34 Tahun 2017 menyebutkan, atas penghasilan dari persewaan tanah dan/atau bangunan baik sebagian maupun seluruh bangunan yang diterima atau diperoleh orang pribadi atau badan dikenai pajak penghasilan yang bersifat final dengan tarif sebesar 10% dari jumlah bruto nilai persewaan tanah dan/atau bangunan. Oleh karena itu atas jasa sewa gudang dikenakan pajak jasa pergudangan dengan tarif final sebesar 10% dari bruto nilai sewa gudang.

Kemudian atas pelayanan jasa pengiriman barang atau ekspedisi dikenakan PPh Pasal 23 jika transaksi tersebut dilakukan dengan suatu Badan.

2. Pajak Pertambahan Nilai (PPN)

Pajak perusahaan logistik berupa PPN akan dikenakan terhadap Wajib Pajak perusahaan logistik jika memiliki peredaran bruto lebih dari Rp 4,8 miliar maka perusahaan tersebut wajibkan dikukuhkan menjadi Pengusaha Kena Pajak (PKP) yang kemudian memiliki kewajiban untuk memungut, menghitung dan menyetor PPN yang terutang. Namun apabila penghasilan bruto Wajib Pajak perusahaan jasa kurang dari atau sama dengan Rp 4,8 miliar, maka Wajib Pajak tersebut dapat memilih untuk dikukuhkan sebagai Wajib Pajak. PPN tersebut dapat dikenakan atas Jasa Kena Pajak berupa jasa pengiriman barang dan jasa sewa gudang dengan tarif 10%.